Bonjour matheo
En effet, les fichiers contenus dans le fichier ZIP que vous avez téléchargé pour installer Loxya n'ont rien à voir avec le dossier de travail pour le développement du logiciel. Dans le ZIP se trouve une version "compilée" du code de la partie front-end du logiciel ; ça veut dire que tous les fichiers qui se trouvent dans le dossier client/ ne sont pas présents dans le ZIP tels quels.
L'envoi d'une partie seulement des fichiers sur votre FTP n'est donc pas recommandée, il vaut mieux transmettre l'intégralité du fichier ZIP à chaque nouvelle mise à jour.
Bonne journée !